Het Algemeen Bestuur van VKMO-Katholiek Netwerk wordt gevormd door de voorzitters van de aangesloten organisaties. Deze voorzitters of de door hen aangewezen personen komen twee maal per jaar bijeen in de Algemene Raad. Aan dit overleg nemen de bisschoppelijk referent voor Kerk en Samenleving, Mgr. dr. G.J.N de Korte, bisschop van ‘s-Hertogenbosch.
Het dagelijks bestuur bestaat uit ten minste voor de helft uit vertegenwoordigers van de lidorganisaties. De voorzitter wordt door het algemeen bestuur – zoals vertegenwoordigd in de algemene raad – benoemd. Het dagelijks bestuur benoemt uit haar midden een vice-voorzitter en secretaris. Deze functies kunnen verenigd worden in één persoon.
Naast het Algemeen Bestuur/de algemene raad kent het VKMO-Katholiek Netwerk een Dagelijks Bestuur en een bureau.